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本實用新型公開了一種集成共聚焦顯微鏡和顯微內(nèi)鏡的成像系統(tǒng)，包括主光源照明元件組、顯微鏡元件組和顯微內(nèi)鏡元件組，其中，所述顯微鏡元件組和顯微內(nèi)鏡元件組共用所述主光源照明元件組。本實施例中通過將共聚焦顯微鏡和共聚焦顯微內(nèi)鏡集成一體，克服了共聚焦顯微鏡和顯微內(nèi)鏡無法兼容的問題，并且本實施例中共聚焦顯微鏡成像系統(tǒng)和共聚焦顯微內(nèi)鏡成像系統(tǒng)可以共用部分光學(xué)元件和軟件，從而降低了需要制造出兩個獨立成像系統(tǒng)的成本，克服單個使用時功能單一，且成本高的問題。