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本發(fā)明公開了一種面向SSD的基因對比方法及基于此方法的比對系統(tǒng)。本發(fā)明所述的方法主要包括獲取第一DNA片段和第二DNA片段，在SSD中對兩個DNA片段進行對齊處理；從SSD中讀取所述兩個DNA片段的數(shù)據(jù)，根據(jù)所述兩個DNA片段的數(shù)據(jù)及預設的精度參數(shù)確定對比參數(shù)；基于對比參數(shù)，對所述兩個DNA片段進行遞進式對比，得到對比結果。本發(fā)明結合SSD，一方面減少了數(shù)據(jù)讀寫次數(shù)；另一方面通過對齊，遞進式對比等手段將數(shù)據(jù)作了一個粗略的篩選，大大減少了需要編輯距離計算的數(shù)據(jù)的比例，提升了效率，縮短了計算時間。

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